Jones volta a lecionar na Marshall College, onde é entrevistado por dois agentes da inteligência do exército. Eles o informam que os nazistas estão à procura de seu antigo mentor, Abner Ravenwood, sob o qual Jones estudou na Universidade de Chicago. Os nazistas sabem que Ravenwood é o principal especialista na antiga cidade de Tanis no Egito, e que ele possui o bastão de Rá. Jones deduz que os nazistas estão procurando a Arca da Aliança; os nazistas acreditam que, se eles adquirirem a Arca seus exércitos serão invencíveis.
O bastão de Rá é a chave para encontrar o Poço das Almas, uma câmara secreta onde a Arca está enterrada.Os agentes autorizam Jones recuperar a Arca para impedir os nazistas de a obter. Ele viaja para o Nepal e descobre que Abner morreu, e o bastão está na posse de sua filha, Marion Ravenwood. Jones visita Marion em sua taberna, onde ela revela seus sentimentos amargos em direção a ele após um caso romântico anterior. Ela rejeita fisicamente a sua oferta para comprar o bastão e deixa Jones.
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Pouco depois, um grupo de bandidos chega ao local com seu comandante nazista, Arnold Toht. Toht ameaça Marion para obter o bastão, Jones retorna ao bar e luta contra os nazistas salvando Marion, mas seu bar é acidentalmente incendiado; durante a luta, o bastão acaba no fogo e Toht queima a mão severamente tentando tira-lo da brasa e sai da taverna gritando.
Indy e Marion escapam com o bastão, e Marion decide acompanhar Indy em sua busca pela Arca para que ele possa pagar sua dívida com ela.O par viaja para o Cairo, onde eles se encontram com o amigo de Indy, Sallah, um escavador qualificado. Sallah informa-lhes que Belloq e os nazistas estão cavando o Poço das Almas com uma réplica do bastão (criada a partir da cicatriz na mão de Toht). Eles rapidamente percebem que o bastão está incompleto e que os nazistas estão escavando no lugar errado.
Os nazistas sequestram Marion e Jones pensa que ela morre na explosão de um caminhão. Após um confronto com Belloq em um bar local, Indy e Sallah se infiltram no local de escavação nazista e usam seus funcionários para localizar corretamente a Arca. Indy descobre que Marion está viva, amarrada e amordaçada em uma tenda, mas não a liberta por medo estragar seu disfarce. Indy, Sallah, e um pequeno grupo de escavadores desenterram o Poço das Almas e adquirem a Arca. Belloq e Colonel Dietrich, oficial nazista, chegam e pegam a Arca de Jones,
jogando Marion e ele no Poço das Almas e os trancam por fora. Jones e Marion fogem para uma pista de pouso local, onde Jones tem uma briga com um mecânico nazista e destrói a asa voadora que seria usada para transportar a Arca até Berlim. Os nazistas em pânico, colocam a Arca em um caminhão e partem para o Cairo, mas Jones os pega e retoma a Arca. Ele faz planos para levar a Arca para Londres a bordo de um navio
O arqueólogo Indiana Jones precisa encontrar a Arca da Aliança, uma relíquia bíblica que contém os dez mandamentos. Como o portador do artefato se torna invencível, os nazistas também vão fazer de tudo para adquirir esse precioso objeto.